与化肥相比，生物有机肥具有节能、环保等诸多优点：

(1)生物有机肥营养元素丰富，化肥仅有一种或几种肥料营养元素；

(2)生物有机肥可以改善土壤；化肥的频繁使用会导致土壤变硬。

(3)生物有机肥改善了产品的质量；化肥施用量过多，造成产品质量低下。

(4)生物有机肥能够改善作物根际微生物群，提高作物对病害的抵抗力；而肥料是单一作物微生物群。容易遭受虫害。

(5)生物有机肥可促进肥料的使用，提高肥料利用率；单独使用肥料很容易造成养分固定和流失。

精致有机肥是畜禽粪便经干燥、粉碎后包装出售的商品有机肥。与精致有机肥相比，生物有机肥的优势：

（1）生物有机肥完全腐熟，不烧根、不烂苗；精制有机肥在未腐熟的土壤中直接使用后腐熟，会产生烧苗现象。

（2）通过高温腐蚀，生物有机肥可以杀死大部分病原微生物和虫卵，减少病虫害的发生；精制有机肥不经腐烂，在土壤中腐烂就会导致地下害虫的发生。

（3）在生物有机肥中加入有益菌，可减少因菌群占位作用而导致的病害发生；精制有机肥由于高温干燥，可杀灭所有微生物。

（4）生物质能肥料中养分含量高，而精制有机肥由于高温处理造成养分损失。

（5）生物有机肥经脱臭后的生物有机肥，气味较轻，几乎无臭味；精制有机肥未经脱臭，回潮后会有臭味。